Для максимально эффективного и оперативного управления все отделения Краевой клинической больницы № 1 объединены в специализированные медицинские центры:

Центр грудной хирургии Онкологический центр Ожоговый центр Хирургический центр Нейроневрологический центр Уронефрологический центр Травмотолого-ортопедический центр Центр анестезиологии и реанимации Терапевтический центр Консультативно-диагностический центр

В состав НИИ-ККБ№1 входят:

12 отделений терапевтического профиля:

• 3 Кардиологических,
• 2 Неврологических, в т.ч. для больных с острыми нарушениями мозгового кровообращения,
• Ревматологическое,
• Эндокринологическое,
• 2 Нефрологических,
• Гастроэнтерологическое,
• Пульмонологическое.
• Отделение медицинской реабилитации пациентов с нарушением функции центральной нервной системы

30 отделение хирургического профиля:

• 3 травматолого-ортопедических,
• 2 урологических,
• онкоурологическое,
• 2 кардио-хирургических,
  в т.ч. отделение детской кардиохирургии,
• 2 торакальной хирургии,
• 2 хирургических,
• 3 нейрохирургических (в т.ч. вертебрологическое),
• ожоговое,
• отделение гематологии и противоопухолевой лекарственной терапии,
• колопроктологическое,
• 2 сосудистых,
• хирургического лечения сложных нарушений ритма сердца и электрокардиостимуляции,
• микрохирургии глаза (офтальмологическое),
• гнойной хирургии,
• гинекологическое,
• отделение опухолей головы и шеи,
• 2 абдоминальной онкологии,
• отделение радиотерапии,
• торакальной онкологии,
• стационарное отделение скорой медицинской помощи.

Для спасения жизни наиболее тяжелых пациентов работают 9 реанимационных отделений, суммарно представленных 233 койки.