Отделение начало функционировать 19 декабря 2002 года. Первое оперативное вмешательство выполнено 23 декабря 2002 года.

Барбухатти Кирилл Олегович - Заведующий отделением, доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой кардиохирургии и кардиологии ФПК и ППС Кубанского государственного медицинского университета, главный кардиохирург Краснодарского Края.

В отделении развёрнуто 33 коек в 12 палатах, в числе которых 4 четырёхместных палаты, а также 8 двухместных комфортабельных палат. В отделении имеется блок интенсивной терапии на 8 мест.

За период 2002 – 2016 в КХО№2 выполнено свыше 25000 операций на сердце, из них почти 24000 с применением искусственного кровообращения. В отделении оказывается весь спектр кардиохирургической высокоспециализированной помощи – от врождённых пороков сердца и ишемической болезни вплоть до трансплантации сердца. Оказывается, не только в плановая хирургическая помощь, но и, что особенно отличает отделение от подавляющего большинства клиник нашей страны, и экстренная кардиохирургическая помощь. Это касается не только ранений сердца и магистральных сосудов, но и острого коронарного синдрома, механических осложнений ишемической болезни сердца (постинфарктный ДМЖП, острая митральная недостаточность), а также острых расслоений грудного отдела аорты.

НИИ – ККБ№1 уже на протяжении более 10 лет занимает лидирующие в стране по основным направлениям кардиохирургической помощи населению – 3 место по количеству операций с применением искусственного кровообращения, 3 место по количеству операций коронарного шунтирования, 2 место по количеству операций на клапанах сердца, 2 место по числу трансплантаций сердца.

Хирургическое лечение патологии грудного отдела аорты составляет до 8-10% от общего количества выполняемых вмешательств в отделении. На протяжении последних 10 лет клиника уверенно занимает 4 место в России по объёму данного вида хирургической помощи. В отделении выполняется весь спектр хирургии восходящего отдела, дуги и нисходящего отдела грудной аорты, как в плановом, так и в экстренном порядке при острых расслоениях. С 2017 года стала активно применяться методика использования гибридного стент-графта «E-vita open plus” для выполнения операции при острых диссекциях типа А по Стенфорду.

С 2010 года в отделении оказывается трансплантологическая помощь населению Краснодарского края. Подобные операции имеют высокую степень сложности и предполагают использование самых современных медицинских технологий. Однако в НИИ-ККБ№1 в настоящее время они поставлены на поток. По уровню обеспеченности населения этим видом кардиохирургической помощи Краснодарский край стоит на уровне таких стран как Германии, Испания, Швейцарии. За 7 лет выполнено 165 пересадок сердца. По данному показателю НИИ - ККБ№1 занимает 2-е место в России, уступая только ведущему федеральному Центру трансплантологии и искусственных органов.